Il modo in cui Doyle riesce ad esprimere, in pochi versi, l'intelligenza, l'estro ed il carattere di Holmes è qualcosa di sublime. Anche il modo in cui zittisce la polizia sulla scritta RACHE...tutto il libro è qualcosa di "oltre".
Ma Sherlock Holmes, ad oggi, si è reincarnato.
(ovvi spoiler fino al capitolo 100, episodi )
Considerato "lo Sherlock Holmes del terzo millennio" (nome del primo capitolo) e "La salvezza della polizia giapponese", il giovane liceale Shinichi Kudo, complice il suo geniale intuito e la sua capacità nelle investigazioni, aiuta molte volte la polizia in casi difficilissimi ed intricatissimi. Ciò porta ad un digresso nel lavoro di Kogoro Mori, ex-poliziotto e padre di Ran Mori, sua compagna di classe.
La vita per Shinichi va tranquillamente: un giorno, mentre risolveva un caso insieme a Ran dove tra i sospettati c'erano anche due uomini in nero, nota che per l'appunto questi uomini avevano uno sguardo glaciale, da chi aveva ucciso in passato molte persone. Dopo aver risolto il caso (omicidio per gelosia) Shinichi intima a Ran di tornare a casa per poter seguire gli uomini in nero.
Mentre scatta delle foto che ritraggono il tizio in nero corpulento scambiare un microfilm con del denaro, il secondo tizio in nero (quello alto) colpisce alle spalle il giovane detective facendogli assumere un farmaco sperimentale della sua organizzazione (in caso di sparo il luogo, ancora pieno di poliziotti per il delitto, sarebbe stato subito allertato) che avrebbe dovuto uccidere senza lasciare tracce (ed in effetti di apoptosi si muore, ma non viene rivelato subito cosa tratta questo "farmaco"). Dopo un bruciore senza limiti, Shinichi si risveglia sorvegliato da guardie giganti: ma non sono loro ad essere grandi, è lui ad essersi ristretto.
Shinichi torna a casa dove trova un incredulo Dottor Agasa (il suo vicino di casa) che si fida di lui dopo aver constatato le sue deduzioni. Ran, in pensiero per Shinichi, va a casa sua dove trova il dottor Agasa e lo Shinichi in miniatura che, in fretta e furia, mette gli occhiali del padre ed inventa un nome leggendo il nome di due autori di libri che aveva vicino, ossia CONAN (doyle) e (ranpo) EDOGAWA.
Conan Edogawa.
Il dottor Agasa suggerisce a Shinichi di andare a casa di Ran, dove insieme a Kogoro potrà investigare liberamente sui piani degli uomini in nero e, nel frattempo, non dovrà rivelare la sua verà identità, pena conseguente il metter in pericolo la sua amica, e non solo, Ran.
Il dottor Agasa fa del suo meglio per aiutare il rinnovato Conan, donandogli un papillon che in realtà è un modulatore vocale (per imitare le voci) e delle scarpe per poter calciare a piena potenza un oggetto per stordire i malviventi. Altri gadget si aggiungeranno man mano alla collezione di Shinichi, come l'orologio spara dardi narcotizzanti e lo skateboard ad energia solare.
Mentre Kogoro e Conan sono impegnati a risolvere un caso, Ran comincia ad avere dei sospetti: pensa che Conan in realtà sia Shinichi. Sarà il Dottor Agasa, grazie al modulatore vocale, a sviare quest'idea dalla mente di Ran.
In un viaggio verso un matrimonio, Conan vede nello stesso treno i due uomini in nero. Dopo aver piazziato una nuova invenzione del Dottor Agasa, una microspia, riesce a scoprire i loro nomi in codice: Gin e Vodka. Erano in quel treno per consegnare una valigetta che era destinata a scoppiare, ma Conan riesce col suo intuito ad intuire quale valigetta avesse l'esplosivo poco prima della detonazione.
Mentre Kogoro pian piano acquistava fama, una ragazza di nome Masami Hirota chiede aiuto a Kogoro a rintracciare il padre: poco dopo averlo rintracciato, l'uomo in questione muore.
Si capirà poco dopo che il "padre" e la "figlia" facevano parte di una rapina in banca con un complice. Dopo che il complice uccide il "padre" e la figlia, involontariamente, uccide il complice, Masami Hirota torna dai suoi datori di lavoro: i due uomini in nero, che rivelano il suo nome, ossia Akemi Miyano, anche lei facente parte dell'organizzazione. Tutto il colpo ed il denaro serviva per la libertà di sua sorella, ma dopo che gli uomini in nero dicono che hanno ancora bisogno della sua parente, sparano ad Akemi a sangue freddo. L'ultima persona con cui riuscirà a parlare sarà Shinichi, prima di spirare definitivamente.
Mentre Kogoro si chiede che fine hanno fatto i genitori di Conan (Agasa aveva inventato la scusa del "sono in ospedale", una donna si presenta come Fumiyo Edogawa e prende con sè il piccolo chiamandolo "suo figlio". Dopo aver pensato ad un rapimento della donna e del suo complice, un uomo con una maschera tetra, capirà che è tutta una messinscena dei suoi genitori, Yukiko Fujimine, grandissima attrice, e Yosaku Kudo, gran scrittore di gialli.
Mentre Conan parla con Ran col modulatore vocale, un nuovo detective si affaccia per confrontarsi con Shinichi: il suo nome è Heiji Hattori. Quando Conan torna, Heiji lo vede raffreddato e come cura gli da' uno strano liquore.
Durante un caso dove sono presenti sia Heiji che Conan, quest ultimo comincia a stare male, quindi Heiji rimane da solo nelle sue investigazioni. Ma il caso vuole che, mentre Heiji comincia a dire chi pensa sia il colpevole, un rinnovato Shinichi Kudo entra e risolve brillantemente il caso.
La gioia di Shinichi (e di Ran) dura pochi attimi, dato che l'effetto dura poco; Shinichi si allontana e torna Conan, mentre il suo corpo sviuppa degli anticorpi, quindi la sostanza non farà più effetto.
